ครั้นถึงปีกุน ยังเป็นโทศก จุลศักราช ๑๒๑๒ ปี วันพุธ ขึ้น ๑ ค่ำ เดือนห้า เวลาค่ำ ๘ ทุ่ม ๕ บาท สมเด็จพระนั่งเกล้าเสด็จสวรรคต ศิริพระชนมายุได้ ๖๓ พรรษา กับ ๑๑ วัน ดำรงอยู่ในราชสมบัติ ๒๕ ปี ๗ เดือน ๒๓ วัน พระมหาโต อายุได้ ๖๔ ปี ๔๒ พรรษา พวกข้าราชการได้ทูลอัญเชิญเสด็จทูลกระหม่อม พระราชาคณะ วัดบวรนิเวศน์วรวิหาร ให้เสด็จนิวัติออกเถลิงราชย์ พระมหาโตเลยออกธุดงค์หนีหายไปหลายเดือน
ครั้นทรงระลึกได้ จึงรับสั่งให้หาตัวมหาโตก็ไม่พบ ทรงกริ้วสังฆการี รับสั่งว่า "ท่านเหาะก็ไม่ได้ ดำดินก็ไม่ได้ แหกกำแพงจักรวาลหนีก็ยังไปไม่ได้" จึงรับสั่งพระญาณโพธิออกติดตามก็ไม่พบ รับสั่งว่า "ฉันจะตามเอง" ครั้นถึงเดือนเจ็ดปีนั้น มีกระแสร์รับสั่งถึงเจ้าเมือง ฝ่ายใต้ ฝ่ายเหนือ ตะวันตก ตะวันออก ทั่วพระราชอาณาจักร จับพระมหาโตส่งมายังเมืองหลวงให้ได้ ให้เจ้าคณะเหนือ กลาง ใต้ ตก ออก ออกค้นหามหาโต เลยสนุกกันใหญ่ ทั้งฝ่ายพุทธจักร อาณาจักร แม้จะมีท้องตรารับสั่งเร่งรัดอย่างไรก็ยังเงียบอยู่ เจ้าเมือง เจ้าหมู่ฝ่ายพระร่วมใจกันจับพระอาคันตุกะทุกองค์ส่งยังศาลากลาง คราวนี้พระมหาโตลองวิชาเปลี่ยนหน้า ทำให้คนรู้จักกลับจำไม่ได้ เห็นเป็นพระองค์อื่น ปล่อยท่านไปก็มี (อาคมชนิดนี้ พระอาจารย์เจ้าเรียกว่า นารายณ์แปลงรูป)
ต่อมาท่านพิจารณาเห็นว่า นายด่าน นายตำบล เจ้าเมือง กรรมการ จับพระไปอดเช้าบ้าง เพลบ้าง ตากแดดตากฝน ได้รับความลำบาก ทำทุกข์ทำยากแก่พระสงฆ์คงไม่ดีแน่ จึงแสดงตนให้กำนันบ้านไผ่รู้จัก จึงส่งตัวมายังศาลากลาง เจ้าเมืองมีใบบอกมายังกระทรวงธรรมการ๐ บอกส่งไปวัดโพธิเชตุพนฯ พระญาณโพธิขึ้นไปดูตัวก็จำได้ แล้วคุมตัวลงมาเฝ้า ณ พระที่นั่งอมรินทรท่ามกลางขุนนางข้าราชการ ครั้นเห็นพระญาณโพธินำพระมหาโตเข้าเฝ้า จึงมีพระดำรัสว่า
"เป็นสมัยของฉันปกครองแผ่นดิน ท่านต้องช่วยฉันพยุงพระบวรพุทธศาสนาด้วยกัน" แล้วมีพระบรมราชโองการให้กรมสังฆการี วางฎีกา ตั้งพระราชาคณะตามธรรมเนียม พระมหาโตก็เข้าไปตามฎีกานิมนต์ จึงทรงถวายสัญญาบัตรตาลิปัตแฉกหักทองขวาง ด้ามงา เป็นพระราชาคณะ ที่พระธรรมกิตติ เจ้าอาวาสวัดระฆังโฆสิตาราม มีฐานานุกรม ๓ องค์ มีนิตยภัตรเดือนละ ๔ ตำลึง ๑ บาท ทั้งค่าข้าวสาร เมื่อออกจากพระบรมราชวังแล้ว ท่านแบกพัดไปเอง ถึงบางขุนพรหมและบางลำภู บอกลาพวกสัปปุรุษที่เคยนับถือ มีเสมียนตราด้วง และพระยาโหราธิบดีเก่า และผู้อื่นอีกมาก แล้วท่านก็กลับมาวัดมหาธาตุ ลาพระสงฆ์ทั้งปวง ลงเรือกราบสีที่ได้รับพระราชทานมาแต่พระพุทธเลิศหล้า ข้ามไปกับเด็กช้างผู้เป็นหลาน ท่านถือบาตร ผ้าไตรและบริขาร ไปบอกพระวัดระฆังว่า "จ้าวชีวิต ทรงตั้งฉันเป็นพระธรรมกิตติ มาเฝ้าวัดระฆังนี่จ้ะ"
ท่านแบกตาละปัตพัดแฉก สพายถุงย่ามสัญญาบัตร ไปเก้ๆ กังๆ พะรุงพะรัง พวกพระนึกขบขัน จะช่วยท่านถือ เจ้าคุณธรรมกิตติก็ไม่ยอม พระเลยสนุกตามมุงดูกันแน่น แห่กันเป็นพรวนเข้าไปแน่นในโบสถ์ บางองค์ก็จัดโน่นทำนี้ ต้มน้ำบ้าง ตักน้ำถวายบ้าง ตะบันหมากบ้าง กิตติศัพท์เกรียวกราวตลอดกรุง คนนั้นมาเยี่ยม คนนั้นก็มาดู เลื่อมใสในจรรยาบ้าง เลื่อมในในยศศักดิ์บ้าง
