หากท่านเคยเจอปัญหานี้โดยที่ท่านเคยใช้ได้ปกติใน version 4.x หนึ่งในสาเหตุที่เกิดขึ้นได้ขอแนะนำว่าเกิดจากใน v.5.0.17 ได้เปลี่ยนแปลง Syntax ในการ query คือ
จาก

SELECT * FROM t1, t2 JOIN t3 ON t1.i1 = t3.i3;

เป็น (มีวงเล็บ)
SELECT * FROM (t1, t2) JOIN t3 ON (t1.i1 = t3.i3);

ซึ่งหากเพิ่มวงเล็บเข้าไปโค้ดของท่านก็จะใช้ได้ตามปกติ
อาจจะมีประเด็นอื่นๆที่เปลี่ยนแปลงอีกให้เข้าไปอ่านเพิ่มเติมได้ที่
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=15952