ชนิดของไวรัส แบ่งตามแหล่งที่ซ่อนในเครื่องไวรัสติดอยู่ ได้ 3 ประเภท คือ
1. ไวรัสที่ติดอยู่ที่บูตเซ็กเตอร์
ไวรัสคอมพิวเตอร์จำนวนมากที่มักจะใช้บูตเซ็กเตอร์นี้เป็นแหล่งหลบซ่อน เพื่อให้มันสามารถออกไปฝังตัวในหน่วยความจำของเครื่องเพื่อรอปฏิบัติการตั้งแต่เริ่มเปิดเครื่อง ไวรัสพวกนี้ได้แก่ไวรัสที่มีชื่อว่า Stoned, Lao-duong deun (ลาวดวงเดือน) , Joshi , Print Screen , PingPong B, Invader , Michealangelo
2. ไวรัสที่ติดในตารางพาร์ติชันนของฮาร์ดดิสก์
ฮาร์ดดิสก์เป็นอุปกรณ์ที่ใช้เก็บข้อมูลและโปรแกรมต่าง ๆ ที่มีความสำคัญ และมีปริมาณมาก ๆ โดยจะมีตารางพาร์ทิชั่นสำหรับเก็บรายละเอียดเกี่ยวกับการจัดแบ่งเนื้อที่ทั้งหมดในฮาร์ดดิสก์ ดังนั้น ถ้าหากตารางพาร์ทิชั่นถูกทำลายก็จะมีผลทำให้เราไม่สามารถเรียกข้อมูลต่าง ๆ มาใช้ได้เลย ไวรัสที่จัดอยู่ในประเภทนี้ได้แก่ Bloody, Asuzu, Michealangelo เป็นต้น
3. ไวรัสที่ติดในแฟ้ม
ไวรัสประเภทนี้เป็นพวกที่แพร่กระจายออกไปติดตามแฟ้มชนิดต่าง ๆ ทั้งในแผ่นดิสก์และฮาร์ดดิสก์ ซึ่งส่วนใหญ่แล้วจะเป็นแฟ้มนามสกุล .EXE,และ .COM เป็นหลัก เนื่องจากเป็นแฟ้มโปรแกรมที่ถูกเรียกใช้งานอยู่เป็นประจำ ทำให้ไวรัสมีโอกาสแพร่กระจายได้มาก นอกจากนี้ยังมีไวรัสบางชนิดที่ติดอยู่ในส่วนที่เป็น มาโครโปรแกรม (Macro Program) ของแฟ้มนามสกุล .DOC, .XLS ฯลฯ ซึ่งเราเรียกไวรัสพวกนี้ว่าเป็น มาโครไวรัส (Macro Virus)

ชนิดของไวรัส แบ่งตามลักษณะการทำงานได้เป็น 2 ประเภท
1. ไวรัสก่อกวน เป็นไวรัสประเภทที่ทำการก่อกวนหรือรบกวนการทำงานของเรา โดยอาจมีการบรรเลงเพลงขึ้นมาเป็นระยะ ๆ หรือทำให้ตัวหนังสือบนจอภาพหล่นลงมากองอยู่ด้านล่างของจอภาพ โปรแกรมและอุปกรณ์ต่าง ๆ เช่น เครื่องพิมพ์ทำงานผิดปรกติ เป็นต้น ตัวอย่างไวรัสที่จัดอยู่ในประเภทนี้ เช่น Lao duong, Joshi, Print Screen, Music Bug เป็นต้น
2. ไวรัสประเภททำลาย ไวรัสประเภทนี้จัดว่าเป็นไวรัสพวกที่ถูกสร้างขึ้นเพื่อทำลายส่วนสำคัญต่าง ๆ ภายในแผ่นดิสก์และฮาร์ดดิสก์ อันได้แก่ บู๊ตเซ็กเตอร์ , ตารางพาร์ติชัน , แฟ้มข้อมูล และแฟ้มโปรแกรมชนิดต่าง ๆ ตัวอย่างไวรัสประเภทนี้ เช่น Generic Boot, Jeff, Invader, Braint, Jeru Salem เป็นต้น